המערכת של קינדקס עומדת בדרישות האבטחה המקובלות כיום בעולם. 

המערכת מאוחסנת בחוות השרתים של משרד החינוך אשר מתופעלת על צוות טכני מיומן של חברת בזק בינלאומי.

השרת שלנו מוגן על ידי חומת אש של חוות הדעת וכן, על ידי רכיב WAF – Web Application Firewall. רמות אבטחה אלו מספקות הגנה רב שכבתית ומונעת התקפות או ניסיונות חדירה לשרת או למערכת עצמה.

בנוסף לכך, התקשורת  בין המחשב האישי או הטלפון האיש לבין השרת עצמו עוברת הצפנה באמצעות תקן SSL אשר מבטיח כי הנתונים המועברים ממכישירי הקצה לשרת האפליקציה ולהפך אינו ניתן לפענוח על ידי גורם שלישי